Analysis of association between long non-coding RNA HOTAIR gene rs1899663 polymorphism and disease-free survival in kidney cancer patients

Abstract

Метою дослідження було вивчення можливої асоціації поліморфного сайту rs1899663 гена HOTAIR із виживаністю пацієнтів із раком нирки та його клініко-патологічними характеристиками. Методи. У роботі було використано венозна кров 101 пацієнта зі світлоклітинним нирково-клітинним раком (СКНКР) (42 жінки і 59 чоловіків). Генотипування за поліморфним локусом rs1899663 гена HOTAIR проводили за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з наступним аналізом довжини рестрикційних фрагментів (PCR-RFLP). Статистичний аналіз виконували за допомогою пакету SPSS (версія 17.0). Тест Каплана-Мейера та регресія Кокса були використані для перевірки можливого зв’язку між поліморфізмом rs1899663 гена довгої некодуючої РНК HOTAIR та віком виникнення СКНКР. Значення Р < 0,05 вважали статистично значущими. Результати. Результати генотипування за rs1899663-поліморфізмом гена HOTAIR показали, що у хворих із СКНКР співвідношення гомозигот GG, гетерозигот GT і гомозигот ТТ складає 39,6 %, 52,5 % і 7,9 %, відповідно. Цей розподіл не відхилявся від очікуваного за законом Харді-Вайнберга (P = 0,143). Результати однофакторного дисперсійного аналізу показали, що rs1899663-локус гена HOTAIR не асоційований із розмір пухлини хворих із СКНКР, не пов’язаний із показниками індексу маси тіла, швидкістю осідання еритроцитів, вмістом глюкози, гемоглобіну, креатиніну та лейкоцитів у крові пацієнтів із СКНКР (Р > 0,05). Крім цього результати тесту Каплана-Мейере показали, що тривалість життя до моменту виникнення СКНКР не залежить від rs1899663-локусу (log rank Р = 0,739). Разом із цим результати аналізу методом регресії Кокса без та з поправкою на коваріати (стать, індекс маси тіла, наявність метастазів, звички курити та зловживання алкоголем) продемонстрували, що ризик виникнення СКНКР з віком не залежить від поліморфізму rs1899663 гена HOTAIR (Р > 0,05). Висновки. Виконане дослідження є першим щодо пошуку асоціації генетичного поліморфізму HOTAIR із виживаністю пацієнтів із раком нирки як в Україні, так і в усьому світі. Поліморфний сайт rs1899663 гена HOTAIR не асоційований із віком виникнення СКНКР в українській популяції. Крім цього, rs1899663-локус також не пов’язаний із розмірами пухлини та даними клініко-лабораторних досліджень у хворих із раком нирки.

The aim of the current study was to investigate the possible association of HOTAIR gene rs1899663 polymorphism with kidney cancer patients survival and clinicopathological characteristics of kidney cancer. Methods. The whole venous blood of 101 patients with clear cell renal cell carcinoma (CCRCC) (42 women and 59 men) was used in the study. Genotyping of rs1899663 HOTAIR gene polymorphic locus was performed by polymerase chain reaction followed by restriction fragment length polymorphism analysis (PCR-RFLP). Statistical analysis was performed using SPSS (version 17.0). The Kaplan-Meier test and the Cox regression were used to test the possible association between rs1899663 polymorphism of long non-coding RNA HOTAIR gene and the age of CCRCC onset. P values < 0.05 were considered as statistically significant. Results. The results of HOTAIR gene rs1899663 polymorphism genotyping showed that the ratio of GG-homozygotes, GT-heterozygotes and TT-homozygotes in CCRCC patients was 39.6%, 52.5%, and 7.9%, respectively. This distribution did not deviate from the expected by Hardy-Weinberg law (P = 0.143). Results of one-way ANOVA showed that rs1899663-locus of HOTAIR gene was not associated with tumor size of CCRCC patients (P > 0.05), was not related to body mass index, erythrocyte sedimentation rate, fasting glucose, hemoglobin, creatinine and leukocyte amount in the blood of CCRCC patients (P > 0.05). In addition, the results of the Kaplan-Meyer test showed that life expectancy until the CCRCC occurrence does not depend on rs1899663 SNP (log-rank P = 0.739). At the same time, the results of Cox regression analysis both before and after adjusting for covariates (sex, body mass index, metastases, smoking habits and alcohol abuse) showed that CCRCC risk development with age does not depend on HOTAIR gene rs1899663 polymorphism (P > 0.05). Conclusions. This is the first report about the possible link between HOTAIR gene polymorphism and survival of kidney cancer patients both in Ukraine and worldwide. The rs1899663 polymorphic site of HOTAIR gene is not associated with the age of CCRCC onset in the Ukrainian population. In addition, the rs1899663 SNP is also n.