Comparative features of open source software products for the development of an automated breast cancer diagnostic program

Abstract

Рак молочної залози (РМЗ) – одне з найчастіших онкологічних захворювань у світі серед жінок з високою захворюваністю та смертністю. Надійність гістологічної верифікації раку молочної залози залежить від досвіду, знань патолога, його готовності до самовдосконалення та вивчення спеціалізованої літератури. Цифрова патологія також широко використовується в навчальних цілях, в телепатології, телеконсультаціях та науково-дослідних проектах. Нещодавно розроблена система Whole Slide Image (WSI) відкриває великі можливості в покращенні якості гістопатологічної діагностики. Розробка різноманітного програмного забезпечення для морфологічної діагностики -важливий напрямок для підвищення якості гістологічної верифікації діагнозу в онкопатології. Метою роботи є пошук та порівняльний аналіз існуючих програмних засобів з відкритим вихідним кодом для обробки повно-слайдових гістологічних зображень.Breast cancer is one of the most common cancer diseases in the world among women. The reliability of histological verification of breast cancer depends on pathologist’s experience, knowledge, his willingness to self-improve and study specialized literature. Digital pathology is also widely used for educational purposes, in telepathology, teleconsultation and research projects. Recently developed Whole Slide Image (WSI) system opens great opportunities in the histopathological diagnosis quality improvement. Digital whole-slide images provide the effective use of morphometry and various imaging techniques to assist pathologists in quantitative and qualitative evaluation of histopathological preparations. The development of software for morphological diagnosis is important for improving the quality of histological verification of diagnosis in oncopathology. The purpose of this work is to find and benchmark existing open-source software for the whole-slide histological images processing. Choosing an open source program is an important step in developing an automated breast cancer diagnosis program.